Francuski veznjak je u Bayern stigao sada već davne 2007. godine iz Marseillea. S Bavarcima je osvojio tri titule prvaka Bundeslige, kao i dva DFB Pokala, te jednu Ligu prvaka
Hoeness je pod istragom njemačkih poreznih organa zbog sumnjivih transakcija kojima je zaradio 20 milijuna eura i stavio ih na tajni račun u jednoj švicarskoj banci, a da za tu svotu nije platio porez