U ždrijebu trećeg pretkola Europa lige Rijeka i Hajduk bili su nositelji zahvaljujući koeficijentima, a Lokomotiva zahvaljujući koeficijentu svog suparnika iz drugog pretkola PAOK-a.
Rijeka je od svih hrvatskih predstavnika najdalje od trećeg pretkola nakon 0:3 poraza od Aberdeena, ali je imala sreću u 3. pretkolu. Ako u uzvratu napravi čudo igrat će protiv kazahstanskog Kairata ili armenskog Alashkerta. U prvoj utakmici Kazahstanci su na domaćem terenu slavili s 3:0.
Hajdukovi mogući suparnici su Mlada Boleslav i Stromsgodset. U prvom susretu Norvežani su u Češkoj slavili s 2:1. Lokomotiva može igrati protiv Spartaka Trnava ili Linfielda. U prvom susretu Spartak je na domaćem terenu pobijedio klub iz Sjeverne Irske s 2:1.